Лабораторијата за молекуларна микробиологија располага со два најсовремени апарати за молекуларна дијагностика:

      1. 7500 Real-Time PCR system (Applied Biosystems, USA)

      2. DTlite Real-Time PCR System, DNA-Technology, Russia

Во 2020 година се опреми (со донација) со комплетно роботизиран систем за екстракција на нуклеински киселини со принцип на магнетни или парамагнетни партикули- InnuPure C16 touch, Analytik Jena AG, Germany и набави (со сопствени средства) Биозаштитен кабинет Класа II,  со што ги задоволува стандардите на СЗО за изведување на молекуларни анализи кои бараат 2 ниво на биосигурност и биобезбедност. Во 2020 година за прв пат учествуваше во тестирање на панел за надворешна контрола (EQA panel) со подршка на СЗО за ПВР детекција на SARS-CoV-2.

Во лабораторијата за молекуларна микробиологија се работат следните анализи:

• Детекција на ДНК на C. trachomatis со ПВР (полимеразна верижна реакција) во реално време.
• Детекција на ДНК на T. vaginalis, N. gonorrhoeae, C. trachomatis со мултиплекс ПВР во реално време од гинеколошки брисеви
• Скрининг и генотипизација на 15 високоризични типови на ХПВ од гинеколошки брисеви
• Квалитативна и квантитативна детекција и типизација на 21 тип на ХПВ со мултиплекс ПВР во реално време,
  (12 високоризични, 6 потенцијално високоризични и 3 нискоризични тиопви на ХПВ) од гинеколошки брисеви
• Мултиплекс ПВР кој е наменет за специфична идентификација SARS-CoV-2/SARS-CoV
• Мултиплекс ПВР  во реално време за детекција на 21 респираторни вируси
• Мултиплекс ПВР во реално време за детекција Chlamydia pneumoniae и Mycoplasma pneumoniae