Следејки ги тенденциите во процесите на стандардизција на глобално ниво. Поаѓајки од  улогата на ЦЈЗ во организацијата и квалитетот на здравствената заштита на регионот на кој делува. Менаџерскиот тим на ЦЈЗ Битола донесе одлука за отпочнување процесите на стандардизација и акредитација. Така установата во 2008 година се стекна со стандардот ISO 9001:2000 за управување со квалитет и акредитација MKC EN ISO/IEC 17025:2018 за квалитет во лабораториите, за санитарна микробиологија и санитарна хемија со токсикологија.