Вакцинацијата по епидемиолошки индикации се врши согласно Законот за заштита на населението од заразни болести и Програмата за имунизација.

Во Одделението по епидемиологија се врши вакцинација против следниве заразни болести: хепатитис Б, стомачен тифус, епидемичен менингитис, грип и др.

Некои од вакцините се задолжителни за одредени категории на луѓе, заради карактерот на нивната работа, заради патување во странство, додека некои вакцини можат да се применат и по барање на пациентите.